Mecanique moleculaire
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Mécanique moléculaire
La mécanique moléculaire correspond à l'utilisation de la mécanique newtonienne pour modéliser des systèmes moléculaires. Les approches de la mécanique moléculaire sont souvent appliquées pour l'amélioration des structures moléculaires, les simulations de dynamique moléculaire et les simulations par la méthode de Monte-Carlo.
Typiquement, les modèles de mécanique moléculaire consistent en des atomes sphériques reliés par des ressorts qui représentent les liaisons. Les forces internes considérées dans la structure modélisée sont décrites en utilisant de simples fonctions mathématiques. La loi de Hooke est généralement employée pour décrire les interactions de liaison. Les atomes peuvent être traités comme des sphères dures non-élastiques ou ils peuvent interagir selon le potentiel de Lennard-Jones.
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Références
- U. Burkert and N.L. Allinger, Molecular Mechanics, 1982, ISBN 0841208859
- O. Becker, A.D. MacKerell, Jr., B. Roux and M. Watanabe, Editors, Computational Biochemistry and Biophysics, Marcel Dekker Inc., New York, 2001, ISBN 082470455X
- MacKerell, A.D., Jr., Empirical Force Fields for Biological Macromolecules: Overview and Issues, Journal of Computational Chemistry, 25: 1584-1604, 2004
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