Neomura

Methylococcus capsulatus (bacterie).

Le clade neomura^[1] est composé de deux groupes-frères : le domaine Eukaryota et de l'embranchement Archaebacteria. Le groupe a été proposé pour la première fois par Thomas Cavalier-Smith et son nom signifie "nouveaux murs"; prétendument parce que c'est la pensée d'avoir évolué par rapport aux bactéries, et un des principaux changements a été le remplacement de parois cellulaires constituées de peptidoglycane en d'autres glycoprotéines. La forme adjectivale est néomurain(e) (anglais neomuran)^[2], et les éléments du groupe sont appelés des néomurains (anglais neomurans).

Ce clade immense n'est pas considéré comme un taxon en termes de classification à cause de la grande diversité des plans d'organisation qu'il contient : les archébactéries et toutes les espèces eucaryotes (plantes, animaux, champignons, protistes...).

DAC	phyl. Chlorobacteria (peut-être paraphylétique)  phyl. Hadobacteria  phyl. Cyanobacteria  infrareg. Gracilicutes  phyl. Eurybacteria (paraphylétique)  clade unimembrana   subphyl. Endobacteria  subphyl. Actinobacteria (paraphylétique)  clade neomura   phyl. Archaebacteria  dom. Eukaryota

Article détaillé : Eubacteria (classification phylogénétique).

Morphologie

Les Neomura sont un groupe très diversifié, contenant toutes les espèces multicellulaires, ainsi que toutes les espèces les plus extrêmophiles. Mais tous ont en commun certaines caractéristiques moléculaires. Tous ont des histones Neomurans pour aider à l'emballage des chromosomes, et la plupart ont des introns. Tous utilisent la molécule méthionine comme l'initiateur des acides aminés pour la synthèse des protéines (les bactéries utilisent la formylméthionine). Enfin, tous les Neomura utilisent plusieurs types depolymérase, alors que les bactéries n'en utilisent qu'un seul.

Histoire

Carl Woese a estimé que les domaines des bactéries, des Archaea, et des Eukarya sont également anciens et tout aussi liés à l'arbre de vie. Toutefois certains éléments de preuve ont commencé à suggérer qu'Eukarya et Archaea ont été plus étroitement liés entre eux qu'aux bactéries. Ces éléments de preuve sont l'utilisation commune de cholestérol et protéasomes, qui sont des molécules complexes ne se trouvant pas dans la plupart des bactéries. Ainsi, il a estimé qu'il y avait deux branches de la vie: bactéries, et Neomura.

un arbre phylogénétique, montrant qu'Eukarya et Archaea sont plus proches entre eux qu'ils ne l'ont été des bactéries. Cet arbre est basé sur la théorie d'évolution de Cavalier-Smith

Mais récemment, Cavalier-Smith a montré la preuve que Neomura a évolué à partir de bactéries. La meilleure preuve est que tous les eucaryotes connus ont possédé des mitochondries, qui ont certainement évolué par endosymbiose à partir d'une alpha-protéobactéries (un groupe très évolué de bactéries). Si les Eucaryotes étaient aussi anciens que les bactéries, il est presque certain qu'ils se seraient ramifiés au cours des millions d'années qu'il a fallu pour que les bactéries développent la respiration aérobies, et certains eucaryotes auraient évolué sans mitochondries.

Un petit mais néanmoins important élément de preuve est que les molécules de cholestérol et de protéasome trouvées dans les Neomura sont également trouvées dans les actinobactéries, peut-être la plus évoluée des bactéries. Les molécules de ce niveau de complexité ne sont pas susceptibles d'évoluer plus d'une fois dans plusieurs branches, donc soit il y a eu un transfert horizontal entre ces deux voies, ou Neomura a évolué à partir de cette branche particulière de l'arbre bactérien. Cette hypothèse de l'évolution des Neomura est illustrée par l'image à droite.

Références

1. Thomas Cavalier-Smith, The origin of eukaryote and archaebacterial cells, Ann NY Acad Sci 503: 17–54 (1987)

2. Thomas Cavalier-Smith, The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52: 7–76 (2002)

3. Thomas Cavalier-Smith, Rooting the tree of life by transition analyses. Biol Direct. 2006; 1: 19. doi: 10.1186/1745-6150-1-19.

4. Skophammer RG, Servin JA, Herbold CW, Lake JA. Evidence for a gram-positive, eubacterial root of the tree of life. Mol Biol Evol. 2007 Aug;24

Notes

1. ↑ Seuls les taxons doivent porter une majuscule
2. ↑ le suffixe anglais -an provient du latin -anus qui a donné les suffixes français -ain(e), -an(e) et -en(ne), le premier étant de loin le plus fréquent.