Phylogeographie

Phylogéographie

La phylogéographie est l'étude des principes et processus qui gouvernent la distribution des lignées généalogiques, spécialement celle de niveau intraspécifique.^[1][2] Elle étudie les phénomènes génétiques et démographiques, en particulier les phénomènes de spéciation^[2], ayant conduit à la distribution et à la structuration actuelle des populations.

L’apport des SIG en phylogéographie

Il existe un biais généralisé dans la littérature phylogéographique : les aspects phylogéniques et géographiques qui constituent cette discipline ont longtemps été étrangement isolés les uns des autres. Ainsi, la plupart du temps, les données qui constituent la phylogénie (les données moléculaires, les traits morphologiques observés, etc.) doivent être quantitatifs et statistiquement testables, alors que la composante géographique de la géophylogénie n’est souvent que qualitative. En conséquence de cette approche, la phylogéographie n’est trop souvent qu’une approche narrative et spéculative pour décrire et comprendre la microévolution et les principes de spéciation^[2].

Un système d’information géographique (SIG) est un ensemble informatique d’outils qui collecte, stocke, transforme, analyse et qui affiche des données variées géoréférencées pour résoudre des problèmes divers^[3]. La phylogéographie utilise un ensemble hétérogène de données quantitatives et qualitatives, obtenues à partir d’une grande variété de sources, et qui sont, ou peuvent être facilement géoréférencées. Les SIG facilitent l’intégration et l’interrelation des toutes ces données^[2]. Le défi est donc d’appliquer les outils offerts par les SIG aux principes de la phylogéographie pour créer un système d’information phylogéographique dans le but d’unifier plus efficacement phylogénie et géographie^[2]. Cela est maintenant possible avec Geophylobuilder 1.0, qui crée facilement des géophylogénies à partir d’une phylogénie et de données géographiques qui lui sont associé^[4].

Les SIG apportent un environnement informatique facile d’approche qui permet la récolte, l’analyse et la visualisation de données géographiques, ce qui leurs permet de former des systèmes intégrés d’information phylogéographiques. Il y a actuellement un intérêt grandissant des phylogéographes pour l’analyse spatiale et géographique, et les SIG permettent de lier entre elles les données génétiques et environnementales provenant d’études diverses via un langage commun géoréférencé>^[2].

Geophylobuilder 1.0 pour ArcGIS

Geophylobuilder 1.0 pour ArcGIS^[5] est une extension développée par Kidd et Liu^[4]. Cette extension utilise les phylogénies, dont les fichiers sont de type Newick (.nwk), et des données qui définissent l’emplacement spatial des entités échantillonnées, comme un échantillon d’ADN, par exemple. La visualisation des géophylogénies ainsi créées est possible en deux dimensions dans ArcMap ou en trois dimensions dans ArcScene.

Exemple d’application de Geophylobuilder 1.0

L’article de Webb et al.^[6] décrit la phylogénie de la famille des Goodeidae sur la base de gènes mitochondriaux. Les auteurs ont tenté de décrire cette phylogénie dans un contexte géographique.

Notes et références

1. ↑ (en) John C. Avise, « The history and purview of phylogeography : a personal reflexion. », dans Molecular Ecology, vol. 7, n^o 4, Février 1998, p. 371-379 [lien DOI] 
2. ↑ ^{a , b , c , d , e  et f} (en) David M. Kidd et Michael G. Ritchie, « Phylogeographic information systems : putting the geography into phylogeography », dans Journal of biogeography, vol. 33, n^o 11, 2006, p. 1851-1865 
3. ↑ (en) Ian Heywood, Sarah Cornelius, Steve Carver, An introduction to geographical information systems, Pearson Education Limited, 464 p. (ISBN 9780131293175) 
4. ↑ ^{a  et b} (en) David M. Kidd et Xianhua Liu, « Geophylobuilder 1.0 : an ArcGIS extension for creating geophylogenies », dans Molecular Ecology Ressources, vol. 8, n^o 1, 2008, p. 88-91 [lien DOI] 
5. ↑ www.esri.com
6. ↑ Shane A. Webb, Jefferson A. Graves, Constantino Macias-Garcia, Anne E. Magurran, Diarmid Ó Foighil et Michael G. ritchie, « Molecular phylogeny of the livebearing Goodeidae (Cyprinodontiformes) », dans Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 30, n^o 3, 2003, p. 527-544 [lien DOI] 

Voir aussi

Articles connexes

• Phylogénie
• Biogéographie
• Théories de distribution des espèces

Liens externes

Bibliographie

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