Pseudouridine

Pseudouridine
Structure de la pseudouridine
Général
Nom IUPAC	5-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxyméthyl)oxolan-2-yl]-1H-pyrimidine-2,4-dione
No CAS	1445-07-4
PubChem	15047
ChEBI	17802
SMILES	C1=C(C(=O)NC(=O)N1)[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O PubChem, Vue 3D
InChI	InChI : Vue 3D InChI=1/C9H12N2O6/c12-2-4-5(13)6(14)7(17-4)3-1-10-9(16)11-8(3)15/h1,4-7,12-14H,2H2,(H2,10,11,15,16)/t4-,5-,6-,7+/m1/s1/f/h10-11H InChIKey : PTJWIQPHWPFNBW-CZHGILCGDG Std. InChI : Vue 3D InChI=1S/C9H12N2O6/c12-2-4-5(13)6(14)7(17-4)3-1-10-9(16)11-8(3)15/h1,4-7,12-14H,2H2,(H2,10,11,15,16)/t4-,5-,6-,7+/m1/s1 Std. InChIKey : PTJWIQPHWPFNBW-GBNDHIKLSA-N
Propriétés chimiques
Formule brute	C9H12N2O6  [Isomères]
Masse molaire[1]	244,2014 ± 0,0102 g·mol-1 C 44,27 %, H 4,95 %, N 11,47 %, O 39,31 %,
Unités du SI & CNTP, sauf indication contraire.

La pseudouridine est un nucléoside dérivé de l'uridine (noté ψ). On la trouve dans certains ARN non-codants comme les ARN de transferts ou les ARN ribosomiques. La pseudouridine n'est pas incorporée lors du processus de transcription, mais résulte d'une modification post-transcriptionnelle de certaines uridines. C'est la modification de base la plus fréquente dans l'ARN, elle est retrouvée dans l'ensemble des organismes vivants

Structure

La pseudouridine est le produit d'une isomérisation de l'uridine, résultat d'une rotation de 180 degrés du cycle pyrimidine autour de l'axe passant par les atomes N3 et C6 du cycle. Cette rotation ne modifie pas les propriétés d'appariement Watson-Crick par rapport à l'uridine, mais modifie la nature liaison glycosidique entre le ribose et la base^[2]. Les bases des nucléotides naturels sont liées au sucre par un azote (liaison C-N). Dans la pseudouridine, celle-ci est remplacée par une liaison C-C. Les pseudouridines possèdent en contrepartie un second groupement NH capable de former une liaison hydrogène supplémentaire. Cette capacité est utilisée dans certains ARN pour stabiliser sa structure. L'une des boucles des ARNt porte une pseudouridine conservée impliquée dans la stabilisation de la structure 3D. Pour cette raison, cette boucle est appelée boucle "TψC", d'après la séquence conservée centrée sur la pseudouridine.

Synthèse

La pseudouridine est incorporée dans l'ARN par des une classe d'enzymes appelées pseudouridine synthase qui catalysent l'isomérisation du cycle uracile^[3].

Synthèse de la pseudouridine.

Utilisation diagnostique

Le dosage du taux de pseudouridine dans l'urine est utilisé comme élément diagnostique pour le dépistage d'un certain nombre de pathologies, en particulier les cancers malignes. Le métabolisme transcriptionnel est en effet augmenté dans les tumeurs malignes et donne lieu à une production accrue de pseudouridine, lors de la dégradation des ARN. La pseudouridine, résistante en raison de sa liaison glycosidique C-C, est éliminée dans les urines.

Notes et références

1. ↑ Masse molaire calculée d’après Atomic weights of the elements 2007 sur www.chem.qmul.ac.uk.
2. ↑ Cohn W.E., « Pseudouridine, a carbon-carbon linked ribonucleoside in ribonucleic acids: isolation, structure, and chemical characteristics. », dans J. Biol. Chem., vol. 235, 1960, p. 1488-1498 [lien PMID] 
3. ↑ Cortese R., Kammen H.O., Spengler S.J., Ames B.N., « Biosynthesis of pseudouridine in transfer ribonucleic acid. », dans J. Biol. Chem., vol. 249, 1974, p. 1103-1108 [lien PMID]