Saut sur le chromosome

Le saut sur le chromosome est une technique de biologie moléculaire utilisée pour établir une carte physique d'un génome. Cette technique est utilisée avec d'autres méthode, comme la marche sur le chromosome.

Le saut sur le chromosome est utilisé pour contourner des régions difficiles à cloner, telle que les séquence d'ADN répétée, qui ne peuvent pas être cartographiée par la marche sur le chromosome. C'est ainsi utile pour explorer un génome rapidement et identifier un gène particulier.

Principe

La région d'intérêt doit être repérée (une portion de chromosome) par étude de liaison génétique. Cet ADN doit être coupé par des enzymes de restriction, puis être circularisé grâce à une ligase, et une dilution importante des ADN. En même temps on intègre dans cet ADN circulaire un gène supF codant une ARNt suppresseur. Cet ADN circulaire est à nouveau coupé par une enzymes de restriction. L'ADN qui contient le gène SupF est intégré dans un phage. Le gène SupF va permettre de repérer les phages qui ont bien intégré l'ADN.

À partir d'une séquence connue on produit une sonde From a known sequence a primer is designed to sequence across the circularised junction. This primer is used to jumpbypass 100 kb-300 kb intervals: a sequence 100 kb away would have come near the known sequence on circularisation. Thus, sequences not reachable by chromosome walking can be sequenced. Chromosome walking can be used from the new jump position (in either direction) to look for gene-like sequences, or additional jumps can be used to progress further along the chromosome.