Liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé

Liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé

Cette liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé (qui peut ne pas être à jour) présente une liste d'espèces d'Eubacteria dont le génome a été séquencé. La plupart de ces séquences ont été publiées dans des bases de données biologiques de séquences, et se trouvent en général dans la base de donnée publique INSDB (pour International Nucleotide Sequence Database Collaboration, en anglais), laquelle peut-être consultée sur internet[1]. Les génomes ci-dessous annotés comme "non publiés" n'ont pas été publiés dans une publication scientifique à comité de lecture (mais sont généralement disponibles dans une base de données).

Sommaire

Chlorobacteria

Espèces eubactériens dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Dehalococcoides etheno 195 Chloroflexi Dehalococcoidetes 1,469,720 1,580 [2]
Dehalococcoides species CBDB1 Chloroflexi Dehalococcoidetes 1,395,502 1,458 [3]


Hadobacteria

Espèces eubactériens dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Deinococcus geothermalis DSM11300 Deinococcus-Thermus Deinococci 2,467,205 2,335 Non publié[1]
Deinococcus radiodurans R1 Deinococcus-Thermus Deinococci 2,648,638 2,579 [4]
Non spécifié Non spécifié Deinococcus-Thermus Deinococci 412,348 357 [4]
Thermus thermophilus HB27 Deinococcus-Thermus Deinococci 1,894,877 1,982 [5]
Thermus thermophilus HB8 Deinococcus-Thermus Deinococci 1,849,742 1,973 Non publié[1]

Cyanobacteria

Espèces eubactériens dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Anabaena nostoc PCC7120 Cyanobacteria Nostocales 6,413,771 5,368 [6]
Anabaena variabilis ATCC29413 Cyanobacteria Nostocales 6,365,727 5,039 Non publié[1]
Cyanobacteria bacterium YellowstoneA Cyanobacteria Chroococcales 2,932,766 2,760 [7]
Cyanobacteria bacterium YellowstoneB Cyanobacteria Chroococcales 3,046,682 2,862 [7]
Gloeobacter violaceus PCC7421 Cyanobacteria Gloeobacteria 4,659,019 4,430 [8]
Prochlorococcus marinus MED4 Cyanobacteria Prochlorales 1,657,990 1,716 [9]
Prochlorococcus marinus MIT9312 Cyanobacteria Prochlorales 1,709,204 1,809 Non publié[1]
Prochlorococcus marinus MIT9313 Cyanobacteria Prochlorales 2,410,873 2,273 [9]
Prochlorococcus marinus NATL2A Cyanobacteria Prochlorales 1,842,899 1,890 Non publié[1]
Prochlorococcus marinus SS120 Cyanobacteria Prochlorales 1,751,080 1,882 [10]
Synechococcus elongatus PCC6301 Cyanobacteria Chroococcales 2,696,255 2,525 Non publié[1]
Synechococcus elongatus PCC7942 Cyanobacteria Chroococcales 2,695,903 2,611 Non publié[1]
Synechococcus sp WH8102 Cyanobacteria Chroococcales 2,434,428 2,526 [11]
Synechococcus species CC9605 Cyanobacteria Chroococcales 2,510,659 2,638 Non publié[1]
Synechococcus species CC9902 Cyanobacteria Chroococcales 2,234,828 2,304 Non publié[1]
Synechocystis species PCC6803 Cyanobacteria Chroococcales 3,573,470 3,167 [12]
Thermosynechococcus elongatus bp1 Cyanobacteria Chroococcales 2,593,857 2,475 Non publié[1]

Gracilicutes

Spirochaetes

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Borrelia burgdorferi B31 Spirochaetes 910,724 850 [13]
Borrelia garinii PBi Spirochaetes 904,246 832 [14]
Leptospira interrogans 56601 Spirochaetes 4,332,241 4,358 [15]
Non spécifié Non spécifié Spirochaetes 358,943 367 [16]
Leptospira interrogans FiocruzL1130 Spirochaetes 4,277,185 3,394 [17]
Non spécifié Non spécifié Spirochaetes 350,181 264 [17]
Treponema denticola ATCC35405 Spirochaetes 2,843,201 2,767 [18]
Treponema pallidum Nichols Spirochaetes 1,138,011 1,031 [19]


Sphingobacteria

Bacteroidetes

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Bacteroides fragilis NCTC9343 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 5,205,140 4,260 [20]
Bacteroides fragilis YCH46 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 5,277,274 4,578 Non publié[1]
Bacteroides thetaiotaomicron VPI5482 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 6,260,361 4,778 [21]
Chlorobium chlorochromatii CaD3 Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 2,572,079 2,002 Non publié[1]
Chlorobium tepidum TLS Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 2,154,946 2,255 [22] Cytophaga hutchinsonii ATCC33406 Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 4,433,218 Non publié[1]
Pelodictyon luteolum DSM273 Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 2,364,842 2,083 Non publié[1]
Porphyromonas gingivalis W83 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 2,343,476 1,909 [23]
Salinibacter ruber DSM13855 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 3,551,823 2,801 [24]

Exoflagellata

Planctomycetales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Rhodopirellula baltica strain1 Planctomycetes Planctomycetacia 7,145,576 7,325 Non publié[1]


Chlamydiae

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Chlamydia muridarum Nigg Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,072,950 904 [25]
Chlamydia trachomatis AHAR13 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,044,459 911 [26]
Chlamydia trachomatis DUW Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,042,519 894 [27]
Chlamydophila abortus S26-3 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,144,377 961 [28]
Chlamydophila caviae GPIC Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,173,390 998 [29]
Chlamydophila felis FeC56 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,166,239 1,005 Non publié[1]
Chlamydophila pneumoniae AR39 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,229,853 1,110 [25]
Chlamydophila pneumoniae CWL029 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,230,230 1,052 [30]
Chlamydophila pneumoniae J138 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,226,565 1,069 [31]
Chlamydophila pneumoniae TW183 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,225,935 1,113 Non publié[1]
Parachlamy diaspecies UWE25 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 2,414,465 2,031 [32]


Acidobacteria

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Acidobacteria bacterium Ellin345 Acidobacteria 5,650,368 4,777 Non publié[1]
Bifidobacterium longum NCC2705 Acidobacteria 2,256,640 1,727 [33]
Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 Acidobacteria 2,488,635 2,320 [34]
Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 Acidobacteria 2,488,635 2,320 [35]
Corynebacterium efficiens YS314 Acidobacteria 3,147,090 2,942 [36]
Corynebacterium glutamicum ATCC13032 Acidobacteria 3,309,401 3,099 Non publié[1]
Non spécifié Non spécifié Acidobacteria 3,282,708 3,058 [37]
Corynebacterium jeikeium K411 Acidobacteria 2,462,499 2,104 [38]
Frankia species CcI3 Acidobacteria 5,433,628 4,499 Non publié[1]
Leifsonia xyli CTCB07 Acidobacteria 2,584,158 2,030 Non publié[1]
Mycobacterium avium k10 Acidobacteria 4,829,781 4,350 [39]
Mycobacterium bovis AF212297 Acidobacteria 4,345,492 3,953 [40]
Mycobacterium leprae TN Acidobacteria 3,268,203 2,720 [41]
Mycobacterium tuberculosis CDC1551 Acidobacteria 4,403,837 4,189 Non publié[1]
Mycobacterium tuberculosis H37Rv Acidobacteria 4,411,532 3,999 [42]
Nocardia farcinica IFM10152 Acidobacteria 6,021,225 5,683 [43]
Propionibacterium acnes KPA171202 Acidobacteria 2,560,265 2,297 Non publié[1]
Rubrobacter xylanophilus DSM9941 Acidobacteria 3,225,748 3,140 Non publié[1]
Streptomyces avermitilis MA4680 Acidobacteria 9,025,608 7,577 [44]
Streptomyces coelicolor A3 Acidobacteria 8,667,507 7,825 [45]
Symbiobacterium thermophilum Strain Acidobacteria 3,566,135 3,337 [46]
Thermobifida fusca YX Acidobacteria 3,642,249 3,110 Non publié[1]
Tropheryma whippelii TW0827 Acidobacteria 925,938 784 Non publié[1]
Tropheryma whippelii Twist Acidobacteria 927,303 808 [47]

Aquificales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Aquifex aeolicus VF5 Aquificae Aquificae 1,551,335 1,522 [48]

Proteobacteria

Article détaillé : Liste d'espèces protéobacteriennes dont le génome est séquencé.

Thermotogales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Thermotoga maritima MSB8 Thermotogae 1,860,725 1,846 [49]


Fusobacteriales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Fusobacterium nucleatum ATCC25586 Fusobacteria Fusobacteria 2,174,500 2,067 [50]


Posibacteria

Endobacteria

Mollicutes

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Mesoplasma florum L1 Firmicutes Mollicutes 793,224 683 Non publié[1]
Mycoplasma capricolum ATCC27343 Firmicutes Mollicutes 1,010,023 812 Non publié[1]
Mycoplasma gallisepticum R Firmicutes Mollicutes 996,422 726 [51]
Mycoplasma genitalium G37 Firmicutes Mollicutes 580,076 476 [52]
Mycoplasma hyopneumoniae 232 Firmicutes Mollicutes 892,758 691 [53]
Mycoplasma hyopneumoniae 7448 Firmicutes Mollicutes 920,079 663 [54]
Mycoplasma hyopneumoniae J Firmicutes Mollicutes 897,405 665 [54]
Mycoplasma mobile 163K Firmicutes Mollicutes 777,079 635 [55]
Mycoplasma mycoides SC Firmicutes Mollicutes 1,211,703 1,016 [56]
Mycoplasma penetrans HF2 Firmicutes Mollicutes 1,358,633 1,037 [57]
Mycoplasma pneumoniae M129 Firmicutes Mollicutes 816,394 688 [58]
Mycoplasma pulmonis UAB Firmicutes Mollicutes 963,879 782 [59]
Mycoplasma synoviae 53 Firmicutes Mollicutes 799,476 672 [54]
Phytoplas maasteris AYWB Firmicutes Mollicutes 706,569 671 Non publié[1]
Phytoplas maasteris OY Firmicutes Mollicutes 860,631 754 [60]
Ureaplasma urealyticum serovar3 Firmicutes Mollicutes 751,719 611 [61]


Clostridia

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Carboxydothermus hydrogenoformans Z2901 Firmicutes Clostridia 2,401,520 2,620 Non publié[1]
Clostridium acetobutylicum ATCC824 Firmicutes Clostridia 3,940,880 3,672 [62]
Clostridium difficile QCD-32g58 Firmicutes Clostridia 3,840,681 Non publié[1]
Clostridium perfringens 13 Firmicutes Clostridia 3,031,430 2,660 [63]
Clostridium tetani E88 Firmicutes Clostridia 2,799,251 2,373 [64]
Desulfitobacterium hafniense Y51 Firmicutes Clostridia 5,727,534 5,060 [65]
Moorella thermoacetica ATCC39073 Firmicutes Clostridia 2,628,784 2,465 Non publié[1]
Thermoanaerobacter tengcongensis MB4T Firmicutes Clostridia 2,689,445 2,588 Non publié[1]


Bacilli

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Bacillus anthracis Ames Firmicutes Bacilli 5,227,293 5,311 [66]
Bacillus anthracis Sterne Firmicutes Bacilli 5,228,663 5,287 Non publié[1]
Bacillus cereus ATCC10987 Firmicutes Bacilli 5,224,283 5,603 [67]
Bacillus cereus ATCC14579 Firmicutes Bacilli 5,411,809 5,234 [68]
Bacillus cereus ZK Firmicutes Bacilli 5,300,915 5,134 Non publié[1]
Bacillus clausii KSMK16 Firmicutes Bacilli 4,303,871 4,108 [69]
Bacillus halodurans C125 Firmicutes Bacilli 4,202,352 4,066 [70]
Bacillus licheniformis ATCC14580 Firmicutes Bacilli 4,222,334 4,152 [71]
Bacillus licheniformis Non spécifié Firmicutes Bacilli 4,222,645 4,196 [72]
Bacillus licheniformis DSM13 Firmicutes Bacilli 4,222,645 4,196 [72]
Bacillus subtilis 168 Firmicutes Bacilli 4,214,630 4,106 [73]
Bacillus thuringiensis 9727 Firmicutes Bacilli 5,237,682 5,117 Non publié[1]
Enterococcus faecalis V583 Firmicutes Bacilli 3,218,031 3,113 [74]
Geobacillus kaustophilus HTA426 Firmicutes Bacilli 3,544,776 3,498 [75]
Lactobacillus acidophilus NCFM Firmicutes Bacilli 1,993,564 1,864 [76]
Lactobacillus delbrueckii bulgaricus Firmicutes Bacilli 1,864,998 2,096 Non publié[1]
Lactobacillus johnsonii NCC533 Firmicutes Bacilli 1,992,676 1,821 [77]
Lactobacillus plantarum WCFS1 Firmicutes Bacilli 3,308,274 3,051 [77]
Lactobacillus sakei 23K Firmicutes Bacilli 1,884,661 1,885 Non publié[1]
Lactobacillus sakei sakei23K Firmicutes Bacilli 1,884,661 1,885 Non publié[1]
Lactobacillus salivarius UCC118 Firmicutes Bacilli 1,827,111 1,717 Non publié[1]
Lactococcus lactis IL1403 Firmicutes Bacilli 2,365,589 2,266 [78]
Listeria innocua Clip11262 Firmicutes Bacilli 3,011,208 2,981 [79]
Listeria monocyto EGD Firmicutes Bacilli 2,944,528 2,855 [79]
Listeria monocyto 4b Firmicutes Bacilli 2,905,187 2,821 [80]
Oceanobacillus iheyensis HTE831 Firmicutes Bacilli 3,630,528 3,496 [81]
Staphylococcus aureus COL Firmicutes Bacilli 2,809,422 2,673 [82]
Staphylococcus aureus MRSA252 Firmicutes Bacilli 2,902,619 2,744 [83]
Staphylococcus aureus MSSA476 Firmicutes Bacilli 2,799,802 2,619 [83]
Staphylococcus aureus Mu50 Firmicutes Bacilli 2,878,529 2,699 [84]
Staphylococcus aureus MW2 Firmicutes Bacilli 2,820,462 2,632 [85]
Staphylococcus aureus N315 Firmicutes Bacilli 2,814,816 2,593 [84]
Staphylococcus aureus NCTC8325 Firmicutes Bacilli 2,821,361 2,892 Non publié[1]
Staphylococcus aureus RF122 Firmicutes Bacilli 2,742,531 2,589 Non publié[1]
Staphylococcus aureus USA300 Firmicutes Bacilli 2,872,769 2,560 [86]
Staphylococcus epidermidis ATCC12228 Firmicutes Bacilli 2,499,279 2,419 Non publié[1]
Staphylococcus epidermidis RP62A Firmicutes Bacilli 2,616,530 2,494 [82]
Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 Firmicutes Bacilli 2,685,015 2,678 [87]
Staphylococcus saprophyticus saprophyticus Firmicutes Bacilli 2,516,575 2,446 [88]
Streptococcus agalactiae A909 Firmicutes Bacilli 2,127,839 1,996 [89]
Streptococcus agalactiae NEM316 Firmicutes Bacilli 2,211,485 2,134 [90]
Streptococcus agalactiae V2603 Firmicutes Bacilli 2,160,267 2,124 [91]
Streptococcus mutans UAB159 Firmicutes Bacilli 2,030,921 1,960 [92]
Streptococcus pneumoniae R6 Firmicutes Bacilli 2,038,615 2,043 [93]
Streptococcus pneumoniae TIGR4 Firmicutes Bacilli 2,160,842 2,125 [94]
Streptococcus pyo M5Manfredo Firmicutes Bacilli 1,841,271 Non publié[1]
Streptococcus pyo MGAS10270 Firmicutes Bacilli 1,928,252 1,987 [95]
Streptococcus pyo MGAS10394 Firmicutes Bacilli 1,899,877 1,886 [96]
Streptococcus pyo MGAS10750 Firmicutes Bacilli 1,937,111 1,979 [95]
Streptococcus pyo MGAS2096 Firmicutes Bacilli 1,860,355 1,898 [95]
Streptococcus pyo MGAS315 Firmicutes Bacilli 1,900,521 1,865 [97]
Streptococcus pyo MGAS5005 Firmicutes Bacilli 1,838,554 1,865 [98]
Streptococcus pyo MGAS6180 Firmicutes Bacilli 1,897,573 1,894 [99]
Streptococcus pyo MGAS8232 Firmicutes Bacilli 1,895,017 1,845 [100]
Streptococcus pyo MGAS9429 Firmicutes Bacilli 1,836,467 1,877 [95]
Streptococcus pyo SF370 Firmicutes Bacilli 1,852,441 1,696 [101]
Streptococcus pyo SSI1 Firmicutes Bacilli 1,894,275 1,861 [102]
Streptococcus thermophilus CNRZ1066 Firmicutes Bacilli 1,796,226 1,915 [103]
Streptococcus thermophilus LMG18311 Firmicutes Bacilli 1,796,846 1,889 [103]


Actinobacteria

Archaea

Article détaillé : Liste d'espèces eucaryotes dont le génome est séquencé.

Eukaryota

Article détaillé : Liste d'espèces archéeenes dont le génome est séquencé.


Notes et références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article en anglais intitulé « List of sequenced bacterial genomes » (voir la liste des auteurs)

  1. ↑ a, b, c, d, e, f, g, h, i, j, k, l, m, n, o, p, q, r, s, t, u, v, w, x, y, z, aa, ab, ac, ad, ae, af, ag, ah, ai, aj, ak, al, am, an, ao, ap, aq, ar et as Entrez Genome Database Search, National Center for Biotechnology Information Search for details on specific genomes by organism name and strain.
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Annexes

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Liens externes

Bibliographie


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