Métagénomique
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La métagénomique est un procédé méthodologique qui vise à étudier le contenu génétique d'un échantillon issu d'un environnement complexe (intestin, océan, sols, etc.) trouvé dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Le but de cette approche, via le séquençage direct de l'ADN présent dans l'échantillon, est d'avoir non seulement une description génomique du contenu de l'échantillon mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d'un environnement.
L'utilisation du préfixe « méta » fait référence à « ce qui vient après ». Ici, la metagénomique vient après la génomique en étudiant les organismes microbiens directement dans leur environnement sans passer par une étape de culture en laboratoire.
Métagenomique par séquençage direct
Les tailles des échantillons métagénomiques sont beaucoup plus importantes que celles de ceux cultivés en laboratoire. Pour connaître leur contenu, les biologistes ont recours aux technologies de séquençage haut-débit. Les séquences d'ADN obtenues sont alors analysées par bioinformatique afin de décrire la composition structurelle et fonctionnelle de l’échantillon environnemental.
Criblage métagénomique ou métagénomique fonctionnelle
Le criblage métagenomique, complémentaire à l'approche métagénomique par séquençage direct, est une méthode qui consiste à faire exprimer des fragments d'ADN métagénomique (c'est-à-dire issu de l'extraction de l'ADN total d'un échantillon environnemental) par un vecteur hôte (généralement des banques de clone de l’espèce bactérienne Escherichia coli). Le but de cette approche est de découvrir de nouvelles enzymes ou de nouvelles molécules sécrétées dans l’environnement (d'où est issu l’échantillon).
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2010.
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