Pseudomonas

Pseudomonas
Pseudomonas aeruginosa en coloration de Gram
Classification
Règne	Bacteria
Division	Proteobacteria
Classe	Gammaproteobacteria
Ordre	Pseudomonadales
Famille	Pseudomonadaceae
Genre
Pseudomonas Migula, 1894

Les bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par :

• Bacilles à Gram négatif, oxydase + ;
• Aérobies stricts (Respiration nitrate chez certaines espèces) ;
• Dégradant le glucose par respiration aérobie ou inerte vis-à-vis du glucose. Ils n'attaquent pas les sucres ou les attaquent par voie oxydative et non fermentative ;
• Généralement mobiles par ciliature polaire (monotriche ou lophotriche);
• Peu exigeantes, cultivant à 30 °C ;
• Indole - ;
• Asporulés ;
• Colonies souvent pigmentées

Ce genre comprend plus d'une centaine d'espèces ubiquitaires (dont l'espèce-type est Pseudomonas aeruginosa généralement dénommé Bacille pyocyanique) cependant de nombreuses espèces sont en cours d'exclusion (de par les progrès de la phylogénétique) leur nombre réduit et tend vers une soixantaine d'espèces.

Habitat

Ces bactéries, largement répandues dans l'environnement, vivent dans le sol et l'eau. Elles se retrouvent sur les plantes, dans les matières organiques non vivantes (denrées alimentaires), entraînant, parfois, leur altération organoleptique.

Elles se rencontrent chez l'homme ou l'animal, au niveau des fosses nasales. Elles constituent, pour la plupart, une flore commensale. Certaines jouent un rôle pathogène :

• Chez les plantes (quelques espèces, dont Pseudomonas syringae, dont une souche tue de jeunes marronniers par milliers depuis le début des années 2000)
• Chez l'homme et l'animal (avec principalement Pseudomonas aeruginosa )

Elles occupent des niches écologiques variées, mais se retrouvent plus particulièrement dans les milieux humides tels que les eaux douces, les eaux de mer, les eaux thermales. Elles se retrouvent en plus petite quantité dans les eaux riches en matières organiques (en particulier les eaux stagnantes) conséquence de la compétition entre microorganismes où les Pseudomonas ne sont pas les plus performants.

Dans les habitations humaines, elles se retrouvent dans les siphons d'évier et les réservoirs d'eaux de pluie qui, lorsque qu'elles sont utilisées pour l'arrosage des plantes, peuvent provoquer des maladies sur les plantes en particulier les fleurs (pour les espèces phytopathogènes).

Biodégradation

De nombreuses souches de Pseudomonas jouent un rôle majeur dans les processus de biodégradation. Dans les processus de remédiation et traitement de sites pollués, la biodégradation ou peut être favorisée ou accélérée par des apports en nutriments ou par des souches bactériennes sélectionnnées. C'est le cas par exemple pour les pollutions du sol ou de l'eau par du fuel ou du pétrole brut. Dans ce cas un ensemencement par des souches mixtes de Pseudomonas et de Rhodococcus et se sont montrées plus efficaces pour dégrader le fuel en milieu aquatique. Dans ce dernier cas, on n'a pas réussi a améliorer les performances des bactéries en portant l'association à trois, quatre, ou cinq souches d'autres bactéries.
L'association champignon/bactérie est aussi très fréquente pour la dégradation de matières organiques^[1], ou dans certains processus pathogènes (surinfection).

Rôle pathogène

Chez l'homme, l'espèce Pseudomonas aeruginosa (appelé aussi bacille pyocyanique) intervient fréquemment comme pathogène opportuniste. Elle se retrouve en flore de transit sur la peau et les muqueuses et cause des surinfections de plaies ou brûlures. Chez des individus immunodépressifs elle peut être la cause de diverses infections cutanées et viscérales voire de septicémie. Elle comporte un risque particulièrement élevé d'infections nosocomiales (contractées par l'intermédiaire de soins en milieu hospitalier), notamment avec des souches résistantes à certains antibiotiques courants.

Les autres germes sont peu agressifs par eux-mêmes mais se comportent en général comme germes "opportunistes" profitant de conditions anormales d'implantation chez des individus débilités, créant des flores de substitution ou des infections graves par introduction accidentelle dans l'organisme (cathétérismes, baxter, sondages, etc.). Leur rôle a acquis plus d'importance au cours des dernières années, surtout en milieu hospitalier.

Caractères bactériologiques

Morphologie microscopique

Aspect : Les Pseudomonas sont des bacilles Gram négatifs fins droits et très mobiles grâce à un flagelle polaire : ciliature monotriche, dépourvus de spores et de capsules.

Groupement : Ils apparaissent la plupart du temps isolés ou en diplobacilles.

Caractères de culture

Conditions de culture

Les Pseudomonas sont des germes peu exigeants, l'immense majorité des espèces n'exigent aucun facteur de croissance et sont capables d'utiliser comme seule source de carbone et d'énergie un large spectre de substrats carbonés simples et variés.
Ils se développent sur tous les milieux usuels, même les plus simples. Ils sont alcalinophiles.

Il possèdent aussi une grande tolérance dans les gammes de température environnante, bien qu'ayant une température optimale de croissance située entre 30 et 35 °C (mésophile), elles sont capables de se développer à des températures entre 4 et 42 °C en ralentissant leur métabolisme. Leur croissance n'est donc pas totalement entravée par les locaux réfrigérés et les incubateurs.

Elle résistent à de nombreux inhibiteurs bactériens, particulièrement aux agents chimiques. Elles continuent leur développement dans certaines solutions antiseptiques (notamment le cétrimide) et sont résistantes à de nombreux antibiotiques.

Milieux de cultures utilisés

• Milieux non sélectifs
  • Gélose ordinaire
  • Gélose BCP
  • Eau peptonée
• Milieux sélectifs
  • Gélose cétrimide
  • Milieu de King A
  • Milieu de King B

Caractères biochimiques

Titre du tableau

Gen	Espèce	Subtype / Obs.	Oxydase	42° thérmophile	4° cryophile	KingF (pour Fluoresceine = Pyoverdine)	KingP (pour Pyocyanine)	Pigment	Poly-Beta-Hydroxy-Butyrate	Mobilité	ADH = L-Arginin DeHydrogenase	NO3 Nitrate réductase > Nitrites(rouge)	Gélatinase = Collagénase	Amylose = Amidon Hydrolase	Lécithinase sur Jaune d'œuf (Réaction au)	Lipase = Tween80 hydrolyse	NO2 > N2	Cathécol ortho-clivage	Procathénuate ortho-clivage	Procathénuate méta-clivage	Lévane (méta-clivage) production à partir du sucrose	D-Glucose assimilation	D-Tréhalose assimilation	Sucrose assimilation	Propionate assimilation	Butyrate assimilation	D-Sorbitol assimilation	Adonitol assimilation	Méso-Inositol assimilation	Géraniol assimilation	L-Valine assimilation	D-Alanine assimilation	L-Arginine assimilation	Arginina	Bila-Esculin Hydrolyse = (beta-glucosidase)	Citrate (de Simmons)	Citrate trisodique assimilation	D-Glucose fermentation	D-Glucose assimilation
Pseudomonas	sp		0,99							0,9	-0,68													-1			-1	-1										-0,86
Pseudomonas	aeruginosa		0,97	0,9	-1	0,9	0,9	pyomélanine = brun noir ou acajou; pyorubine = aeruginosine A=rouge de nature phénazinique	-1	0,94	0,7	0,92	0,84	-0,9	-0,9	0,1	0,9	0,9	0,9	-0,9	-0,9	0,98	-1	-1	0,9	0,9	-0,9	-1	-0,9	0,9	0,1	0,9	0,9		-0,98		0,98	-0,38	0,98
Pseudomonas	fluorescens	I	0,99	-1	0,98	0,9	-0,9	-0,9	-0,9	1	0,35	-0,46	0,4	-0,9	0,9	0,1	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	0,98	1	0,9	0,9	-0,9	0,01	0,01	0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9		-0,98		0,98	-0,75	0,98
Pseudomonas	putida		0,98	-1	0,7	0,7	-0,9	-0,9	-0,9	1	0,76	-0,94	-1	-0,9	-0,9	0,2	0,9	0,9	0,9	-0,9	-0,9	0,9	-1	-0,6	0,9	0,9	-0,7	-0,9	-0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9		-1		0,98	-0,8	0,9
Pseudomonas	agarici	sans intérêt médical, phytopato	0,99							0,9
Pseudomonas	alcaligenes	sans intérêt médical	0,97	0,9	-1	-0,9	-0,9	jaune-orange (caroténoïde)	-0,9	0,9	0,2	0,7	-0,01	-0,9	-0,9	0,2	0,9				-0,9	-0,8	-1		0,9	0,2	-0,9		-0,9	-0,9	-0,9	0,2	0,9		-1		0,2	-1	-0,8
Pseudomonas	amygdali	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	anguiliseptica	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	asplenii	sans intérêt médical, phytopato	0,99							0,9
Pseudomonas	balearica		0,99							0,9		-0,48	0,9	-0,98			-1												1	-1	1	1	1			0,5
Pseudomonas	caricapapayae	sans intérêt médical	0,99							0,9		-0,48	0,9	-0,98			-1								1	1			1	-1	1	1	1			0,5
Pseudomonas	chlororaphis	sans intérêt médical	0,99	-1	0,7	0,2	-0,9	chlororaphine (pigm phénazinique) verte = réduite et jaune = oxydée	-0,9	0,9	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	0,9	1	0,9	0,9	0,9	-0,9	-0,9	0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9						0,9
Pseudomonas	cichorii	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	citronellolis	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	coronafaciens	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	corrugata	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	ficuserectae	sans intérêt médical, phytopato	0,99							0,9
Pseudomonas	flavescens	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	fragi	sans intérêt médical, sur viande avariée	0,99							0,9			-0,9			-1									1	1					1	1	1
Pseudomonas	fuscovaginae	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	lundunensi	sans intérêt médical, psychrotrophe isolé du viande	0,99							0,9
Pseudomonas	marginalis	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	meliae	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	mendocina	col pigm brun-jaune = pigment caroténoïde intracellulaire	0,99	0,9	-1	-0,9	-0,9	jaune-orange (caroténoïde)	-0,9	0,9	0,88	1	-1	-0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9			-0,9	0,9	-1		0,9	0,9	-1		-0,9	0,9	0,9	0,9	0,9		-1		1	-0,01	0,9
Pseudomonas	mucidolens	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	oleovorans	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	stutzeri	ubiquitaire	0,99	0,9	-1	-0,9	-0,9	-0,9	-0,9	0,9	-0,98	0,88	-0,21	-0,9	0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9		-0,9	0,96	-1		0,2	0,9	-0,9		-0,9	-0,9	0,9	0,9	-0,9		-1		0,7	0,21	0,96
Pseudomonas	pseudoalcaligenes		0,99	0,9	-1	-0,9	-0,9	-0,9	0,2	0,9	0,7	0,2	0,2	-0,9	-0,9	-0,9	0,9				-0,9	-0,9	-1		0,9	0,9	0,2		-0,9	-0,9	-0,9	0,2	0,9					-1	-0,9
Pseudomonas	resinovorans	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	savastanoi	sans intérêt médical	0,99							0,9		1	-1	1			-1																			0,44
Pseudomonas	stanieri	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	rhodesiae	dans les eaux minérales	0,99							0,9
Pseudomonas	jessenii	dans les eaux minérales	0,99							0,9
Pseudomonas	mandelii	dans les eaux minérales	0,99							0,9		-0,48	-0,9	-0,98			-1								1	1			-1	-1	1	1	1			0,5
Pseudomonas	gessardii	dans les eaux minérales	0,99							0,9
Pseudomonas	migulaï	dans les eaux minérales	0,99							0,9
Pseudomonas	libanensis	dans les eaux de source libanaises	0,99							0,9			0,3			-1									1	1			-1	-1	-1		1
Pseudomonas	cedrella	dans les eaux de source libanaises	0,99							0,9
Pseudomonas	orientalis	dans les eaux de source libanaises	0,99							0,9			-0,9			1										1			-1	-1	1	1	-1
Pseudomonas	syringae	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	avellanae	sans intérêt médical	0,99							0,9		-0,48	0,9	-0,98		-1	-1								1				1	-1	1	1	1			0,5
Pseudomonas	taetrolens	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	tolaasii	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	viridiflava	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	aureofaciens	sans intérêt médical	0,99	-1	0,7	0,9	-0,9	orange = phénazine-1-carboxylate	-0,9	0,9	0,9	-0,48	0,9	-0,98	0,2	0,2	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	0,2	0	0,2	1	-0,5	-1	-1	1	-1	1	0,01	1			0,5			0,2
Pseudomonas	sacharophila	sans intérêt médical	0,99							0,9
Pseudomonas	veronii	dans les eaux minérales	0,99							0,9
Pseudomonas	tomato		0,99							0,9
Pseudomonas	glycinea		0,99							0,9
Pseudomonas	phaseolicola		0,99							0,9
Pseudomonas	fluorescens	II	0,99	-1	0,98	0,1	-0,9	-0,9	-0,9	0,9	0,9	-0,46	0,6	-0,9	0,3	-0,9	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	0,9	1	0,9	0,9	0,1	1	-1	0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9		-0,98		0,98	-0,75	0,9
Pseudomonas	fluorescens	III	0,99	-1	0,98	0,9	-0,9	-0,9	-0,9	0,9	0,9	-0,46	-0,22	-0,9	0,9	0,1	0,9	0,9	0,9	-0,9	-0,9	0,9	1	-0,9	0,1	0,1	0,1	0,1	0,9	-0,9	0,9	0,9	0,9		-0,98		0,98	-0,75	0,9
Pseudomonas	fluorescens	IV	0,99	-1	0,98	0,9	-0,9	-, 9	-0,9	0,9	0,9	-0,46	0,9	-0,89	0,9	0,1	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	0,9	1	0,9	0,9	0,9	0,9	-0,9	0,9	-0,9	1	1	1		-0,98		0,98	-0,75	0,9
Pseudomonas	fluorescens	V	0,99	-1	0,5	0,1	-0,9	-, 9	-0,9	0,9	0,9	-0,46	0,9	-0,9	0,1	0,1	0,9	0,9	0,9	-0,9	-0,9	0,98	1	0,1	0,9	0,1	0,1	0,2	0,9	-0,9	0,9	-0,9	0,9		-0,98		0,98	-0,75	0,98
Pseudomonas	monteilli		0,99	-1	-0,9	0,9	-0,9	-0,9	-0,9	0,9	0,9	-0,9	-0,9	-0,9	-0,9	-0,9					-0,9	0,9	-1	-0,9	0,9	0,9	-0,9	-1			0,9	0,9	0,9					1	0,9

Métabolisme

Toutes les espèces possèdent une oxydase.

La dégradation du glucose s'effectue par la voie d'Entner-Doudoroff, cette propriété est mise en évidence sur milieu Hugh-Leifson. Ils possèdent fréquemment une arginine dihydrolase permettant la dégradation de l'arginine en anaérobiose.

Certaines espèces peuvent extraire l'oxygène libéré par la réduction des nitrates en azote, et ainsi croître en anaérobiose ; on parle alors de "Respiration nitrate".

Production de pigments

De nombreux représentants de ce genre produisent un pigment. Citons ceux utilisés pour l'identification :

• La pyocyanine, pigment bleu - vert phénazinique, il est soluble dans le chloroforme et l'eau et est spécifique de P. aeruginosa.

• La pyoverdine, vert fluorescent, soluble dans l'eau synthétisé par les Pseudomonas du groupe fluorescent.

Espèces appartenant au genre Pseudomonas

Pseudomonas abietaniphila Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas agarici Pseudomonas alcaligenes Pseudomonas alcaliphila Pseudomonas amygdali Pseudomonas anguilliseptica Pseudomonas antarctica Pseudomonas argentinensis Pseudomonas asplenii Pseudomonas aurantiaca Pseudomonas avellanae Pseudomonas azotifigens Pseudomonas azotoformans Pseudomonas balearica Pseudomonas beijerinckii Pseudomonas beteli Pseudomonas boreopolis Pseudomonas brassicacearum Pseudomonas brenneri Pseudomonas cannabina Pseudomonas carboxydohydrogena Pseudomonas caricapapayae Pseudomonas cedrina Pseudomonas cichorii Pseudomonas cissicola Pseudomonas citronellolis

Pseudomonas congelans Pseudomonas corrugata Pseudomonas costantinii Pseudomonas cremoricolorata Pseudomonas extremorientalis Pseudomonas ficuserectae Pseudomonas flavescens Pseudomonas flectens Pseudomonas fluorescens Pseudomonas fragi Pseudomonas frederiksbergensis Pseudomonas fulva Pseudomonas fuscovaginae Pseudomonas gelidicola Pseudomonas geniculata Pseudomonas gessardii Pseudomonas graminis Pseudomonas grimontii Pseudomonas halodenitrificans Pseudomonas halophila Pseudomonas hibiscicola Pseudomonas indica Pseudomonas jessenii Pseudomonas jinjuensis Pseudomonas kilonensis Pseudomonas koreensis Pseudomonas libanensis

Pseudomonas lini Pseudomonas lundensis Pseudomonas lutea Pseudomonas luteola Pseudomonas mandelii Pseudomonas marginalis Pseudomonas mediterranea Pseudomonas meliae Pseudomonas mendocina Pseudomonas mephitica Pseudomonas meridiana Pseudomonas migulae Pseudomonas monteilii Pseudomonas mosselii Pseudomonas mucidolens Pseudomonas multiresinivorans Pseudomonas nitroreducens Pseudomonas oleovoran Pseudomonas orientalis Pseudomonas oryzihabitans Pseudomonas otitidis Pseudomonas pachastrellae Pseudomonas palleroniana Pseudomonas panacis Pseudomonas parafulva Pseudomonas pertucinogena Pseudomonas pictorum

Pseudomonas plecoglossicida Pseudomonas poae Pseudomonas proteolytica Pseudomonas pseudoalcaligenes Pseudomonas psychrophila Pseudomonas psychrotolerans Pseudomonas putida Pseudomonas resinovorans Pseudomonas rhizosphaerae Pseudomonas rhodesiae Pseudomonas salomonii Pseudomonas savastanoi Pseudomonas straminea Pseudomonas stutzeri Pseudomonas synxantha Pseudomonas syringae Pseudomonas taetrolens Pseudomonas thermotolerans Pseudomonas thivervalensis Pseudomonas tolaasii Pseudomonas tremae Pseudomonas trivialis Pseudomonas umsongensis Pseudomonas vancouverensis Pseudomonas veronii Pseudomonas viridiflava Pseudomonas xanthomarina

Liste des espèces qui devraient être exclues du genre Pseudomonas :

Pseudomonas beijerinckii Pseudomonas beteli Pseudomonas boreopolis

Pseudomonas carboxydohydrogena Pseudomonas chlororaphis Pseudomonas cissicola

Pseudomonas flectens Pseudomonas geniculata Pseudomonas halophila

Pseudomonas hibiscicola Pseudomonas mephitica Pseudomonas pictorum

Notes et références

1. ↑ L. M. Baryshnikova, V. G. Grishchenkov, M. U. Arinbasarov, A. N. Shkidchenko and L. M. Boronin, Biodegradation of Oil Products by Individual Degrading Strains and Their Associations in Liquid Media , Applied Biochemistry and Microbiology Volume 37, Number 5, 463-468, DOI: 10.1023/A:1010285705353

Voir aussi

Liens externes

• (fr) L P S N
• (fr) Thèse Diversité fonctionnelle des Pseudomonas producteurs d'antibiotiques dans les rhizosphères de conifères en pépinières et en milieu naturel, par Mathieu Allaire, mai 2005.
• (en)http://www.genome.jp/kegg-bin/KEGG_Genome_map_top.pl?org_id=pae Génome de Pseudomonas aeruginosa PAO1 (pointer sur la barre grise)]