Bioclipse

Bioclipse
Développeur	Le projet Bioclipse
Dernière version	2.0.1 (5 août 2009) [+/-]
Version avancée	2.1.0 v20090807 (7 août 2009) [+/-]
Environnement	Multiplate-forme
Type	Chemo-informatique/Bio-informatique
Licence	Eclipse Public License
Site web	www.bioclipse.net
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Bioclipse est un projet développé en Java et open source. Il s'agit d'une plate-forme de visualisation pour la chemo- et la bio-informatique basée sur la plateforme client riche Eclipse.

Bioclipse utilise une architecture à base de plugins qui hérite des fonctionnalités de base et des interfaces graphiques d'Eclipse, tels que le système d'aide, l'interface de mise à jour du logiciel, la gestion des préférences, le déployement multiplate-forme, etc. Grâce à ces plugins, Bioclipse fournit de nombreuses fonctions pour la chémo- et la bio-informatique, et propose des possibilités d'extension qui permettent d'ajouter facilement de nouvelles fonctionnalités.

La première version stable de Bioclipse inclut un plugin CDK (back-end de chemo-informatique), un plugin Jmol pour la visualisation 3D et un plugin BioJava pour l'analyse de séquences. Bioclipse est développé par un consortium de laboratoires :

• Proteochemometric Group (université d'Uppsala, Suède)
• Chemoinformatics and Metabolism Team (EBI, Royaume-Uni)
• Division of Analytical Biosciences (université de Leyde, Pays-Bas)

Ces développements ont été enrichies par de nombreuses contributions d'autres laboratoires académiques.

Voir aussi

Liens externes

• (en) Page officiel de Bioclipse
• (en) Page du projet sur SourceForge
• (en) Le wiki

Références

• Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl E.S. Wikberg
  Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics,
  BMC Bioinformatics, 2007, 8. DOI:10.1186/1471-2105-8-59