Chromista (classification phylogénétique)

Stramenopiles (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Stramenopiles (ou Heterokonta, ou Hétérocontes, ou encore Straménopiles), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existant entre les différents organismes vivants ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici. Ce cladogramme présente aussi bien les groupes encore représentés aujourd'hui que ceux qui sont éteints (incluant les groupes fossiles). À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur. Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Arbre phylogénétique ▲ └─o Heterokonta ou Stramenopiles ├─o Opalinata └─o ├─o Labyrinthulomycetes └─o ├─o Bicosoecida ou Bicoecida └─o ├─o Sloomycetes │ ├─o Hyphochytriomycetes │ └─o Oomycota ou Peronosporomycetes └─o Stramenochromes ou Heterokontophyta ou Ochrophyta ├─o Diatomeae │ ├─o Bolidophyceae ou Bolidomonadales │ └─o Bacillariophyta └─o Phaeista ├─o Parmophyceae ├─o Hypogyrista │ ├─o Pelagophyceae │ └─o Actinochrysophyceae ou Axodines └─o Chrysista ├─o Pinguiophyceae ├─o Chrysophyceae └─o ├─o Raphidophyceae └─o Phaeistia ├─o Phaeothamniophyceae ├─o Chrysomerophyceae └─o ├─o Aurearenophyceae ├─o Xanthophyceae ou Tribophyceae └─o Phaeophyceae Arbre développé ▲ └─o Heterokonta ou Stramenopiles ├─? Pseudodendromonadidae └─o ├─o Opalinata ou Slopalinida │ ├─? Blastocystis │ ├─o Proteromonadidae │ └─o Opalinidae ├─o Placididea └─o ├─o Bigyromonada ou Developayella └─o ├─o Labyrinthulomycetes │ ├─o Thraustochytridae │ └─o │ ├─o Labyrinthulidae │ └─o Diplophryidae └─o ├─o Bicosoecida ou Bicoecida │ ├─o Pirsoniales │ └─o Bicosoecales ou Bicoecales │ ├─o Caecitellidae │ ├─o Bicosoeceae ou Bicoeceae │ ├─o Cafeteriaceae │ └─o Siluaniaceae └─o ├─o Sloomycetes │ ├─o Hyphochytriomycetes ou Hyphochytriales │ │ ├─o Hyphochytriaceae │ │ └─o Rhizidiomycetaceae │ └─o Oomycota ou Peronosporomycetes │ ├─o Haptoglossales │ ├─? Lagenaceae │ ├─o Ectrogellaceae │ ├─o Eurychasmataceae │ ├─o Pontismataceae │ ├─o Sirolpidiaceae │ ├─o Rozellopsidales │ │ ├─o Pseudosphaeritaceae │ │ └─o Rozellopsidaceae │ └─o Oomycetes │ ├─? Anisolpidiales │ ├─? Lagenismatales │ ├─o Sclerosporales │ │ ├─o Sclerosporaceae │ │ └─o Verrucalvaceae │ ├─o Salilagenidiales │ │ ├─o Haliphthoraceae │ │ └─o Salilagenidiaceae │ ├─o Saprolegniales │ │ ├─o Leptolegniaceae │ │ └─o Saprolegniaceae │ ├─o Olpidiopsidales │ ├─o Myzocytiopsidales │ │ ├─o Crypticolaceae │ │ └─o Myzocytiopsidaceae │ ├─o Leptomitales │ │ ├─o Leptolegniellaceae │ │ ├─o Apodachlyellaceae │ │ ├─o Ducellieriaceae │ │ └─o Leptomitaceae │ ├─o Rhipidiales │ ├─o Pythiales │ │ ├─o Pythiaceae │ │ └─o Pythiogetonaceae │ └─o Peronosporales │ ├─o Peronosporaceae │ └─o Albuginaceae └─o Stramenochromes ou Heterokontophyta ou Ochrophyta ├─o Diatomeae ou Khakista │ ├─o Bolidophyceae ou Bolidomonadales │ └─o Bacillariophyta │ ├─o Bacillariophyceae │ │ ├─o Eunotiophycidae ou Eunotiales │ │ │ ├─o Eunotiaceae │ │ │ └─o Peroniaceae │ │ └─o Bacillariophycidae │ │ ├─o Lyrellales │ │ ├─o Mastogloiales │ │ ├─o Dictyoneidales │ │ ├─o Cymbellales │ │ │ ├─o Rhoicospheniaceae │ │ │ ├─o Anomoeoneidaceae │ │ │ ├─o Cymbellaceae │ │ │ └─o Gomphonemataceae │ │ ├─o Achnanthales │ │ │ ├─o Achnanthaceae │ │ │ ├─o Cocconeidaceae │ │ │ └─o Achnanthidiaceae │ │ ├─o Thalassiophysales │ │ │ ├─o Catenulaceae │ │ │ └─o Thalassiophysaceae │ │ ├─o Bacillariales │ │ ├─o Rhopalodiales │ │ ├─o Surirellales │ │ │ ├─o Entomoneidaceae │ │ │ ├─o Auriculaceae │ │ │ └─o Surirellaceae │ │ └─o Naviculales │ │ ├─o Phaeodactylaceae │ │ ├─o Diploneidaceae │ │ ├─o Naviculineae │ │ │ ├─o Naviculaceae │ │ │ ├─o Pleurosigmataceae │ │ │ ├─o Plagiotropidaceae │ │ │ ├─o Stauroneidaceae │ │ │ └─o Proschkiniaceae │ │ ├─o Sellaphorineae │ │ │ ├─o Sellaphoraceae │ │ │ └─o Pinnulariaceae │ │ └─o Neidiineae │ │ ├─o Berkeleyaceae │ │ ├─o Cavinulaceae │ │ ├─o Cosmioneidaceae │ │ ├─o Scolioneidaceae │ │ ├─o Diadesmidaceae │ │ ├─o Amphipleuraceae │ │ ├─o Brachysiraceae │ │ ├─o Neidiaceae │ │ └─o Scoliotropidacea │ ├─o Fragilariophyceae │ │ ├─o Fragilariales │ │ ├─o Tabellariales │ │ ├─o Licmophorales │ │ ├─o Rhaphoneidales │ │ │ ├─o Rhaphoneidaceae │ │ │ └─o Psammodiscaceae │ │ ├─o Ardissoneales │ │ ├─o Toxariales │ │ ├─o Thalassionematales │ │ ├─o Rhabdonematales │ │ ├─o Striatellales │ │ ├─o Climacospheniales │ │ ├─o Protoraphidales │ │ └─o Cyclophorales │ │ ├─o Cyclophoraceae │ │ └─o Entopylaceae │ └─o Coscinodiscophyceae │ ├─o Thalassiosirophycidae ou Thalassiosirales │ │ ├─o Thalassiosiraceae │ │ ├─o Skeletonemataceae │ │ ├─o Stephanodiscaceae │ │ └─o Lauderiaceae │ ├─o Biddulphiophycidae │ │ ├─o Triceratiales │ │ │ ├─o Triceratiaceae │ │ │ └─o Plagiogrammaceae │ │ ├─o Biddulphiales │ │ ├─o Anaulales │ │ └─o Hemiaulales │ │ ├─o Hemiaulaceae │ │ ├─o Bellerocheaceae │ │ └─o Streptothecaceae │ ├─o Lithodesmiophycidae ou Lithodesmiales │ ├─o Corethrophycidae ou Corethrales │ ├─o Cymatosirophycidae ou Cymatosirales │ │ ├─o Cymatosiraceae │ │ └─o Rutilariaceae │ ├─o Rhizosoleniophycidae ou Rhizosoleniales │ │ ├─o Rhizosoleniaceae │ │ └─o Pyxillaceae │ ├─o Chaetocerotophycidae │ │ ├─? Leptocylindrales │ │ └─o Chaetocerotales │ │ ├─o Chaetocerotaceae │ │ ├─o Acanthocerataceae │ │ └─o Attheyaceae │ └─o Coscinodiscophycidae │ ├─o Chrysanthemodiscales │ ├─o Melosirales │ │ ├─o Melosiraceae │ │ ├─o Stephanopyxidaceae │ │ ├─o Endictyaceae │ │ └─o Hyalodiscaceae │ ├─o Paraliales │ ├─o Aulacoseirales │ ├─o Orthoseirales │ ├─o Ethmodiscales │ ├─o Stictocyclales │ ├─o Asterolamprales │ ├─o Arachnoidiscales │ ├─o Stictodiscales │ └─o Coscinodiscales │ ├─o Coscinodiscaceae │ ├─o Rocellaceae │ ├─o Aulacodiscaceae │ ├─o Gossleriellaceae │ ├─o Hemidiscaceae │ └─o Heliopeltaceae └─o Phaeista ├─? Aurosphaeraceae ├─o Parmophyceae ou Parmales │ ├─o Pentalaminaceae │ └─o Triparmaceae ├─o Hypogyrista ou Dictyochia │ ├─o Pelagophyceae │ │ ├─o Pelagomonadales │ │ └─o Sarcinochrysidales │ └─o Actinochrysophyceae ou Axodines ou Dictyochophyceae │ ├─o Dictyochales ou Silicoflagellata ou Silicophycidae │ └─o Abaxodinae ou Abodines │ ├─o Rhizochromulinales │ └─o Actinodinea │ ├─o │ │ ├─o Pseudopedinella │ │ ├─o Mesopedinella │ │ └─o │ │ ├─o Apedinella │ │ └─o Parapedinella │ └─o │ ├─o Pedinella │ └─o Actinomonadales │ ├─o Pteridomonas │ ├─o Actinomonas │ └─o │ ├─o Ciliophryida │ └─o Actinophryida └─o Chrysista ├─o Pinguiophyceae ├─o │ ├─o Eustigmatophyceae ou Eustigmatales │ └─o Chrysophyceae │ ├─o Synurales │ │ ├─o Mallomonadaceae │ │ └─o Synuraceae │ ├─o Hibberdiales │ │ ├─o Hibberdiaceae │ │ └─o Chrysocapsaceae │ ├─o Chrysosphaerales │ │ ├─o Chrysosaccaceae │ │ ├─o Stylococcaceae │ │ └─o Chrysosphaeraceae │ ├─o Cyclonexis │ ├─o │ │ ├─o Ochromonadaceae │ │ └─o Chrysolepidomonadaceae │ ├─o Phaeoplacales │ ├─o Hydrurales │ ├─o Paraphysomonadaceae │ └─o Chromulinales │ ├─o Oikomonadaceae │ ├─o Chromulinaceae │ └─o Chrysamoebaceae └─o ├─o Raphidophyceae ou Raphidomonadales │ ├─o Vacuolariaceae │ └─o Thaumatomastigaceae └─o Phaeistia ├─o Phaeothamniophyceae │ ├─o Phaeothamniales │ └─o Pleurochloridellales ├─o Chrysomerophyceae └─o ├─o Aurearenophyceae ├─o Xanthophyceae ou Tribophyceae │ ├─o Phyllosiphonaceae │ ├─o Chloramoebales │ ├─o Rhizochloridales │ │ ├─o Rhizochloridaceae │ │ ├─o Stipitococcaceae │ │ └─o Myxochloridaceae │ ├─o Heterogloeales │ │ ├─o Heterogloeaceae │ │ ├─o Mallodendraceae │ │ └─o Characidiopsidaceae │ ├─o Tribonematales │ │ ├─o Neonemataceae │ │ ├─o Tribonemataceae │ │ ├─o Heterodendraceae │ │ └─o Heteropediaceae │ ├─o Vaucheriales │ │ ├─o Botrydiaceae │ │ └─o Vaucheriaceae │ └─o Mischococcales │ ├─o Pleurochloridaceae │ ├─o Botrydiopsidaceae │ ├─o Botryochloridaceae │ ├─o Gloeobotrydaceae │ ├─o Gloeopodiaceae │ ├─o Mischococcaceae │ ├─o Characiopsidaceae │ ├─o Chloropediaceae │ ├─o Trypanochloridaceae │ ├─o Centritractaceae │ ├─o Chlorotheciaceae │ └─o Ophiocytaceae ├─? Schizocladiales └─o Phaeophyceae ├─o Choristocarpaceae └─o ├─o Dictyotales │ ├─o Scoresbyellaceae │ └─o Dictyotaceae └─o ├─o │ ├─o Onslowiaceae │ └─o Sphacelariales │ ├─o Sphacelariaceae │ ├─o Discosporangiaceae │ ├─o Stypocaulaceae │ └─o Cladostephaceae └─o ├─o Syringodermatales └─o ├─o Sporochnales ├─o Desmarestiales │ ├─o Desmarestiaceae │ └─o Arthrocladiaceae ├─o Bachelotia ├─o │ ├─o Scytothamnales │ └─o Asteronema ├─o Ralfsiales ├─? Petroderma ├─o Fucales │ ├─o Durvillaeaceae │ ├─o Fucaceae │ ├─o Himanthaliaceae │ ├─o Hormosiraceae │ ├─o Phyllosporaceae │ ├─o Sargassaceae │ └─o Cystoseiraceae ├─o Phaeosiphoniella ├─o Tilopteridales ├─o Phyllariaceae ├─o Halosiphonaceae ├─o Cutleriales ├─o Asterocladon ├─o Ascoseirales ├─o Ectocarpales │ ├─o Acinetosporaceae │ ├─o Acrotrichaceae │ ├─o Adenocystaceae │ ├─o Chordariaceae │ ├─o Ectocarpaceae │ ├─o Ishigeaceae │ └─o Scytosiphonaceae └─o Laminariales ├─o Akkesiphycaceae ├─o Pseudochordaceae ├─o Chordaceae └─o ├─o Alariaceae ├─o Laminariaceae └─o Lessoniaceae   Débat scientifique relatif à la phylogénie des Stramenopiles La monophylie du groupe des Chromistes n'est pas avérée. Les seuls Straménopiles pourraient être plus proches parents des Alvéolés, voire des Rhizariens, que des Haptophytes et Cryptophytes dont les parentés restent objet de débat. Au sein des Straménopiles, groupe récent réunissant des Algues et des taxons autrefois classés parmi les Champignons, la principale question est celle de l'acquisition de chloroplastes chez les Hétérocontophytes (ou Ochrophytes) ou, au contraire, de leur perte dans les autres taxons. Classification selon Cavalier-Smith 1998 Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.). Classification selon Cavalier-Smith 1998 ▲ └─o infra-règne des Heterokonta ├─o super-embranchement des Sagenista │ └─o embranchement des Sagenista │ ├─o sous-embranchement des Bicoecia │ │ ├─o ordre des Bicoecales │ │ ├─o ordre des Anoecales │ │ └─o ordre des Pirsoniales │ │ └─o famille des Pirsoniaceae │ └─o sous-embranchement des Labyrinthista └─o super-embranchement des Gyrista ├─o embranchement des Ochrophyta (peut-être paraphylétique) │ ├─o sous-embranchement des Phaeista │ │ ├─o infra-embranchement des Hypogyrista │ │ └─o infra-embranchement des Chrysista │ │ ├─o super-classe des Phaeistia │ │ └─o super-classe des Limnistia │ └─o sous-embranchement des Diatomeae └─o embranchement des Bigyra ├─o sous-embranchement des Bigyromonada ├─o sous-embranchement des Pseudofungi └─o sous-embranchement des Opalinata   Classification proposée par Adl et al. 2005 Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Stramenopiles. Classification proposée par Adl et al. 2005 ▲ └─o Stramenopiles ├─o Opalinata │ ├─o Proteromonadea │ ├─o Opalinea │ └─o Blastocystis ├─o Bicosoecida ├─o Labyrinthulomycetes │ ├─o Labyrinthulaceae │ └─o Thraustochytriaceae ├─o Hyphochytriales │ ├─o Anisolpidiaceae │ ├─o Hyphochytridiomycetaceae │ └─o Rhizidiomycetaceae ├─o Peronosporomycetes ├─o Actinophryidae ├─o Bolidomonas ├─o Chrysophyceae │ ├─o Chromulinales │ ├─o Hibberdia │ └─o Ochromonadales ├─o Dictyochophyceae │ ├─o Dictyochales │ ├─o Pedinellales │ └─o Rhizochromulinales ├─o Eustigmatales ├─o Pelagophyceae │ ├─o Pelagomonadales │ └─o Sarcinochrysidales ├─o Phaeothamniophyceae │ ├─o Phaeothamniales │ └─o Pleurochloridales ├─o Pinguiochrysidales ├─o Raphidophyceae ├─o Schizocladia ├─o Synurales ├─o Xanthophyceae │ ├─o Tribonematales │ └─o Vaucheriales ├─o Phaeophyceae │ ├─o Ascoseirales │ ├─o Cutleriales │ ├─o Desmarestiales │ ├─o Dictyotales │ ├─o Ectocarpales │ ├─o Fucales │ ├─o Ishige │ ├─o Laminariales │ ├─o Scytothamnales │ ├─o Sphacelariales │ ├─o Sporochnales │ ├─o Syringodermatales │ └─o Tilopteridales └─o Bacillariophyta ├─o Coscinodiscophytina (paraphylétique) │ ├─o Paralida │ ├─o Melosirida │ ├─o Coscinodiscida │ ├─o Arachnoidiscida │ ├─o Rhizosolenida │ └─o Corethrida └─o Bacillariophytina ├─o Mediophyceae └─o Bacillariophyceae   En savoir plus Sources bibliographiques de référence Sina M. Adl et alii (2005) « The New Higher Level Classification of Eukaryotes », J. Eukaryot. Microbiol., 52 (5), p. 399–451 Bruno de Reviers, Biologie et phylogénie des algues, vol. 2 : tome 2, 2003 [détail des éditions]  Kirill A. Mikrjukov et David J. Patterson (2001) « Taxonomy and Phylogeny of Heliozoa. III. Actinophryids », Acta Protozool., 40, p. 3-25 Thomas Cavalier-Smith (1998) « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews 73, p. 203-266 Autres sources bibliographiques Cabioc'h, J., Floc'h, J.-Y., Le Toquin, A., Boudouresque, C.F., 2006. Guide des algues des mers d'Europe, Delachaux et Niestlé (éd.). ISBN 260301384X. Sources internet Algaebase.org Chromista (Univ Paris XI) Liens internes Chromista -- Laminaire -- Diatomée -- Mildiou (Oomycota) Eukaryota (classification phylogénétique) Chromalveolata (classification phylogénétique) Arbre phylogénétique Photo-guide taxinomique de la faune et de la flore sous-marine Photo-guide taxinomique du monde végétal Répertoire général des ressources en botanique

Durvillea antarctica (Phaeophyceae) Algue brune près de Portland, Oregon (USA) Macrocystis pyrifera (Phaeophyceae, Laminariales) Macrocystis pyrifera (Phaeophyceae, Laminariales) Fucus indéterminé en laisse de mer (Phaeophyceae, Fucales) Laminaria cloustoni (Phaeophyceae, Laminariales) Ulopteryx pinnatifida (Phaeophyceae, Laminariales) Diatomeae, d'après Haeckel (1914) : Kunstformen der Natur Cyclotella meneghiniana (Diatomeae) Diatomées marines Diatomées au microscope électronique (×5000)

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